第二波の攻撃では、イスラエルのミサイルはイラン全土の約30カ所を攻撃し、イスラム共和国大統領マスード・ペゼシュキアンの官邸や軍事情報本部も含まれていた。イスラエルの攻撃の主要目標の一つは、イランの最高指導者アリー・ハメネイである。イスラエルは、対イラン作戦の全ての目的が達成されたと主張している。

イスラエル国防省によると、イランに対する作戦は数ヶ月前から計画されており、「予防的」攻撃の日程は数週間前に設定されていた。ミサイル攻撃のさなか、イスラエルの情報機関はイランの不安定化を最大限に図ろうとしている。モサドの公式テレグラムチャンネル（ペルシャ語）は、イラン国民に対し「イランを栄光の時代に戻す」ための協力を呼びかけ、「政権との戦い」の写真や動画をソーシャルメディアで共有するよう求めている。

イスラエルは、事実上避けられない報復攻撃に備えて、イラン領空を閉鎖した。イスラエル行きの民間航空機は引き返し、代替ルートに迂回せざるを得なくなった。全国で制限が課され、集会は禁止され、ほとんどの機関の業務が停止されている。

注目すべきは、テヘランが前日の米国との会談で、濃縮ウラン備蓄のすべてを放棄することに同意したことだ。交渉を仲介したオマーンのバドル・アル・ブサイディ外相によれば、テヘランはこれらの備蓄を燃料に転換する意向を表明したという。